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共済組合を運営するため、議決機関、執行機関、監査機関の三つの機関が置かれ、執行機関の下に事務を処理する事務局が置かれています。

なお、このほか審査会、診療報酬等調査委員、障害審査委員があります。

不服審査機関「審査会」

組合員の資格、給付、掛金、組合員期間の確認や障害基礎年金に係る障害の程度の診査について不服のある人は、「審査会」に対し不服審査の請求をすることができます。
審査会は、組合員の権利利益の救済を図るために常置されており、組合員の代表、都及び区の代表、公益の代表それぞれ2人の計6人で組織されています。審査会委員の任期は3年で、理事長が委嘱しています。

諮問機関「診療報酬等調査委員」・「障害審査委員」

短期給付と長期給付の適正を期すための諮問機関として「診療報酬等調査委員」と｢障害審査委員｣が設けられています。それぞれ、理事長が委嘱した医師により組織されています。
各諮問機関の運営に関しては、「診療報酬等調査委員」は年金保険部医療保険課（ダイヤルイン03-5320-7323）が、｢障害審査委員｣は年金課（ダイヤルイン03-5320-7331）が、それぞれ担当しています。

※ 任命議員とは、都知事が組合員のうちから任命した議員
※ 互選議員とは、組合員が組合員のうちから選挙した議員