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　共済組合の各事業に必要な費用は、組合員が負担する「掛金」、事業主（＝地方公共団体）が負担する「負担金」、及び地方公共団体が負担すべき「負担金」（公的負担分）によって賄われています。

　掛金と負担金の負担割合は、地方公共団体の公的負担分を除き、折半となっています。

　また、掛金と負担金の負担額は、「標準報酬制」に基づく組合員の標準報酬月額と標準期末手当等の額に一定率（それぞれ「掛金率」「負担金率」といいます。）を乗じて算出されます。

　この掛金率・負担金率は、短期給付と福祉事業においては共済組合の定款で、長期給付のうち、厚生年金においては厚生年金保険法で、年金払い退職給付においては地方公務員共済組合連合会の定款で、それぞれ定められています。

　掛金と負担金の徴収対象となる期間は、組合員の資格を取得した日の属する月から、資格を喪失した日（退職日の翌日）の属する月の前月までの各月となります。ただし、資格を取得した日の属する月にその資格を喪失したときは、1か月に満たない場合でも1か月分として計算します。

　短期給付の主な支出は、組合員とその被扶養者に対する保健給付など各種給付額と、後期高齢者支援金など国への負担金が占めています。

　主な収入は、掛金と負担金ですが、その年度の支出額と概ね均衡するように掛金率・負担金率を設定しています。

　なお、短期給付における必要な費用のうち、育児休業手当金及び介護休業手当金のために必要な費用の一部は、公的負担分となっています。

　平成27年10月の被用者年金一元化に伴い共済年金が厚生年金に統一されたことで、長期給付における厚生年金保険相当分は、厚生年金制度全体を通じた年金等給付の支出と掛金・負担金（保険料）等の収入が、概ね100年間で均衡するように財政運営がなされています。

　また、従来の共済年金独自の職域部分（いわゆる旧3階）の廃止と「年金払い退職給付」の創設（新3階）によって、この部分の掛金率及び負担金率として平成27年10月からそれぞれ0.75％が追加されました。

　なお、長期給付に要する費用のうち、基礎年金拠出金に係る自治体負担に必要な費用、公務等による障害共済年金等に必要な費用及び追加費用（共済組合発足（昭和37年12月1日）前の旧恩給等の期間の給付財源）は、公的負担分となっています。

　短期給付及び長期給付に係る事務は、別経理（業務経理）を設けて実施しています。このために必要な費用は、地方公共団体からの負担金と短期経理及び厚生年金保険経理等長期3経理からの繰入金によって賄われています。

　福祉事業は、特定健診・特定保健指導などの保健事業、保養施設（箱根路開雲）の運営及び総合保健施設（アジュール竹芝）の運営に係る費用を支出しています。

　このうち保健事業に要する費用は、掛金・負担金の収入で賄われています。